３日午後６時４０分ごろ、京都市下京区のＪＲ京都駅のコインロッカーから、ガソリンのにおいがする液体入りペットボトル１本とリード線のようなコード、目覚まし時計が入った不審な手提げかばんが見つかり、京都府警が爆発物処理班を出動させて回収した。
同日午後０時５分ごろ、ＪＲ西日本神戸支社に男の声で「京阪神の主な駅で時限発火装置を作動させる。今月１日にロッカーに入れた」との電話があり、京都府警などが長期間使用しているロッカーを中心に調べていた。
かばんは茶色のビニール製。液体は赤っぽい色で、府警は成分を鑑定し、威力業務妨害事件として捜査している。
府警は回収に当たり、３日午後９時５５分ごろまで、ロッカーの周囲約５０メートルを立ち入り規制した。
兵庫県警も同日、ＪＲ新神戸駅などで不審物を調べたが、見つからなかった。