理化学研究所和光研究所（埼玉県和光市）が、研究員や技術員に対し違法な時間外労働を行わせているとして、さいたま労働基準監督署から２００６年６月と１２月の２回にわたり是正勧告を受けていたことが分かった。
監督署では未払いの時間外労働賃金を支払うよう求めており、総額は２００万円前後にのぼるとみられる。
是正勧告の対象となっているのは、同研究所の中で裁量労働制の労使協定が結ばれていない３研究センターを中心とする研究職、技術職の職員６５０人。同研究所によれば、このうち任期制職員３９６人については給与に超過勤務手当相当額が含まれているものとみなして労務管理を行ってきたが、労働契約書や就業規則には明記していなかった。このため労働基準法に反していると指摘された。
また、任期制以外の職員については月１５時間分の超過勤務手当が定額支給されているが、これを超える場合には手当の支払いが必要とされた。
同研究所では４月までに、任期制職員に対して超過勤務手当が給与に含まれていることを承知していたかどうかの確認書を配布。研究ノートなどを参考にした勤務実態の把握や、所属長による超過勤務命令の有無を調査した結果、未払い分の支払いを求める職員十数人について、６月にも過去２年にさかのぼり手当を支給することにした。
同研究所の大河内真理事は「そもそも研究者に時間外労働や超過勤務手当の概念はなじまないので、裁量労働制の導入に向けた交渉を進めている。ただ現状では労働基準法に照らして問題があることは事実だ」と認めている。一方、職員からは「研究所の業務のために時間外労働になることもある。所属長が超過勤務命令を出したと認めない場合も多く、未払い分全額が支払われるのかは疑問」との声も出ている。