同機構の奨学金には、無利息の「第一種」と、利息付きの「第二種」がある。このうち第二種を受ける場合、今年４月の新入生からは、利息が固定した現行タイプか、変動するタイプを卒業時に選べるようになる。
固定タイプの返還時の利息は、３％を上限に在学中の金利に応じて決まる。卒業後２０年以内に、借りた金額にこの利息（今年３月卒は０．８％）をつけて返す。これに対し変動タイプは、最初の５年間は卒業時の金利に応じた利息を付け、その後５年ごとにそのときの金利に応じて見直される利息を付けて返す。機構を所管する文部科学省は、変動タイプの導入について「学生に選択の幅を持たせるため」としている。
０６年度の貸与者は第一種が約４６万人で、第二種が約６３万人。