調査した大学、短大、大学院４５９校のうち、留意事項が付いたのは３４校。株式会社立大学は３年続けて全校に留意事項がつき、今回は「専任教員の勤務状況に問題がある」（４大学）、「教員の組織的な研修を行っていない」（４大学）などと指摘された。
文科省が「早急な是正を求める」と強く指摘したのは、簿記などの資格予備校を運営する学校法人「大原学園」が設置した大原大学院大（本部・東京）。２９人の学生のうち１６人が学園の教職員で、うち１０人がほとんど授業に出席していなかった。同大が昨年３月にメールで呼びかけた募集に応じたもので、内規にもとづき通常１７０万円かかる学費を５０万円減免したという。同大は「昨年１月に認可されてから募集したが間に合わず、定員を満たしたかった。改善行動の一環で、修了見込みのない１０人には退学してもらった」と話している。
私立大学は学校法人以外は設立できなかったが、０３年に政府の構造改革特区に限って株式会社にも設置が認められた。自前の敷地や校舎を持たずに開設できるのが特徴。大学を誘致したい自治体が特区の認定を受け、０４年４月に初めてＬＥＣ大とデジタルハリウッド大学院大（本部・東京）が開校した。
一方、文科省は法科大学院にも同様の調査を実施。「１クラスの人数が多すぎる」などとして、７４校のうち東京大、京都大の両大学院を含む４１校に留意事項を付けた。