４校とも部員による不祥事で高知は部内暴力、鹿児島商は卒業試験での不正行為、残る２校は窃盗。すべてチームへの厳重注意処分となった。補欠校の駒大岩見沢（北海道）、海星（三重）でも部員の窃盗などがあったが、選抜での扱いはそのままとした。
また、週刊誌に前校長の不祥事が掲載された中京（岐阜）、非常勤講師の飲酒運転死亡事故があった大阪桐蔭は、大会臨時運営委員会で出場に支障がないと確認された。
この日の審議委で０６年度の審議件数は１０２６件となり、統計を取り始めた９６年以降、初めて１０００件を超えた。日本学生野球協会審査室（３月８日開催予定）への上申案は以下の通り。
【有期の対外試合禁止】神奈川・日大（部員の暴力など）▽大分東明（同）▽富山・高岡第一（部員の窃盗など）▽千葉学芸（部員の喫煙）
【有期の謹慎】大工大の部長（報告遅れ）▽長野・阿南の部長、監督（プロアマ規定違反）▽宮城・大崎中央の監督、コーチ（部内暴力など）▽茨城・鉾田一の監督（部内暴力）▽神奈川・藤沢翔陵の監督（同）