国務大臣がいる１府１２省庁（国家公安委員会は実務を担う警察庁）と、それぞれの外局にあたる２１庁・委員会の計３４機関に文書や電話で尋ねた。
調査によると、１府１２省庁のすべてが、公益通報者保護法が施行された０６年４月までに、職員が通報できる内部窓口を設置。２１の外局のうち金融庁や公正取引委員会、国税庁など７機関は独自の内部窓口を設けていたが、林野庁や消防庁など残る１４機関は所管省庁に窓口を一本化していた。
このうち、外部の弁護士事務所にも窓口を設置していたのは、内閣府、総務省、金融庁の３府省庁だけだった。外務省は外部窓口を持たないが、調査を担当する「監察査察官」に同省に勤務する検事や公認会計士を指定。「外部の弁護士と同様の公正性と透明性を確保している」（同省）としている。
残る３０省庁・委員会では、ほとんどが人事や総務担当課に通報窓口を置いており、課長級職員ら「身内」が調査責任者になっていた。外部窓口を置かない理由については、「通報自体がない」（厚生労働、農水省）、「予算の関係」（防衛、環境省）などと回答。今後についても「状況を踏まえて判断したい」（財務省）と述べるにとどまっている。
通報の件数は昨年１２月までに計４９件で、内訳は、外務省３１件▽内閣府１０件▽総務省３件▽法務省２件▽社会保険庁２件▽海上保安庁１件。外部窓口かそれに準じる態勢をもつ３府省が約９割を占める一方で、内部窓口のみの３１省庁・委員会のうち２７機関は「通報ゼロ」だった。
通報内容については、外務省が「内容は明らかにできない」、海上保安庁が「調査中」としている以外は、不正の発覚や処分に結びつく有益な内容はなかったという。
また、農水省と警察庁、海上保安庁は法施行時に文書で通知した後は、窓口の電話やファクシミリの番号、メールアドレスなども職員が直接人事部門などに問い合わせないとわからない態勢になっていた。
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〈キーワード：公益通報者保護法〉 企業や行政機関の職員らが、勤務先や報道機関などに組織の不正行為を告発したことを理由にした解雇などの不利益処分を禁じた法律で、０６年４月に施行された。内閣府は施行前の０５年７月、内部窓口に加え、弁護士事務所など外部窓口の設置にも努めることを各省庁と申し合わせた。４７都道府県や１５政令指定市では、昨年１２月までに計１４自治体が外部窓口を置いている。全国知事会は自治体の顧問弁護士らを除いた第三者の窓口設置を各都道府県に求め、制度の整備状況を毎年公表することを決めている。