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法案では、前文に「日本を愛する心を涵養（かんよう）」することを盛り込み、宗教教育も「宗教的感性の涵養」を尊重することとしている（１６条）。
「学ぶ権利の保障」（２条）では、だれでも「健康で文化的な生活を営むための学び」を十分に保障され、内容を選択、決定する権利があるとしている。さらに、政府が教育振興の基本計画を定め「国内総生産に対する財政支出の比率」を指標として盛り込む（１９条）こととした。政府は義務教育費の国庫負担率引き下げを打ち出しており、対立点のひとつとなっている。
幼児教育（６条）や高等教育（８条）は「無償教育の漸進的導入」で教育格差の是正を図る。
地方が行う教育行政（１８条）については、責任者を現行法の教育委員会でなく首長とし、公立校は保護者、地域住民、教師らが参画する「学校理事会」が「主体的・自律的運営を行う」としている。ただ、現行法で教職員が国の介入に抵抗する根拠となり、政府案には盛り込まれた「教育は、不当な支配に服することなく」という文言はなく、「教育行政は民主的な運営を旨として行われなければならない」（１８条）との言葉に置き換えられた。